Реализация проекта УНП ООН по созданию ЦАРИКЦ началась в конце 2004 года и было принято решение разбить его на фазы. Данное решение было вызвано необходимостью пошагового осуществления мероприятий в рамках проекта, связанного с ограниченными донорскими средствами к тому времени. 
Впоследствии, в ходе первой фазы проекта, была создана региональная группа экспертов (Группа Проекта –ГП), состоящая из представителей каждого из государств участников. ГП разработала институциональные документы, определила месторасположения Центра. В ходе второй фазы проекта осуществлены отбор и размещение временного личного состава Центра, предоставление оборудования и другие организационные меры и экспертная поддержка. 
Успешная реализация двух первоначальных фаз привела к одобрению Соглашения по созданию ЦАРИКЦ, которое впоследствии было подписано главами государств. Начата ратификация Соглашения. 1 ноября 2007 года, до вступления Соглашения в силу, Центр начал функционировать в ограниченном режиме в рамках «пилотной фазы». 
После завершения подготовительных фаз проекта был необходим переход к полномасштабной реализации проекта, как и было предусмотрено в первоначально проектном документе, для обеспечения поддержки деятельности ЦАРИКЦ, предоставления тренинга личному составу и полномочным представителям, усиления возможностей Центра, а также стимулирования сотрудничества Центра как с национальными ведомствами так и на региональном и международном уровнях.  
Успех двух фаз проекта обусловил дополнительную финансовую поддержку со стороны доноров, общий объем которой превысил первоначальный бюджет, что обусловило пересмотр проекта в сторону увеличения бюджета и длительности проекта до декабря 2011 года для обеспечения поддержки деятельности Центра в первые годы.